Pokémon Box, foi lançado dia 30 de Maio, e não pode ser definido como um jogo. Ele é uma espécie de complemento para as versões Ruby e Sapphire, onde você pode armazenar seus Pokémons das versões R/S em um boxe com suporte de ate 1500 Pokémons.

O modo de armazenamento é muito mais dinâmico e com mais informações sobre os Pokémons, se você é um treinador que sabe usar um treinamento mais avançado Pokémon Box será muito útil.

Além disto, você encontrara 4 Eggs Pokémon diferentes, que contem algum Pokémon com um ataque especial, os Pokémons são:

  - Zigzagoon - Ataque Especial: Extreme Speed

- Ralts (Apenas na versão Japonesa) - Ataque Especial: Wish

- Pichu (Apenas na versão Americana) - Ataque Especial: Surf

- Skity - Ataque Especial: Pay Day

- Swablu - Ataque Especial: False Swipe